La Fundació Puigvert, per la seva funció social i als àmbits en què desenvolupa la seva activitat, manté un ampli ventall de relacions amb altres institucions. Aquestes institucions no pertanyen només al sector sanitari, sinó que desenvolupen la seva activitat en els àmbits acadèmic, de la recerca, de la cultura i l'ensenyament i associatiu. A més, els professionals de la Fundació mantenen relació amb la comunitat científica, formant part, la majoria d'ells, de societats científiques espanyoles, europees i a nivell internacional.

Relacions a l'àmbit assistencial:

Servei Català de la Salut: el SCS té contractat amb la Fundació l'assistència dels pacients del sistema públic que aquest li adreça, i es relaciona amb centres d'assistència primària, centres sociosanitaris i gran nombre d'hospitals, d'entre els quals destaca l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, amb el qual constitueix un conjunt hospitalàri, general i universitàri.

Organització Catalana de Trasplantaments (OCATT) i Organización Nacional de Trasplantes (ONT): la Fundació Puigvert, capdaventera en trasplantament renal i que desenvolupa una important activitat en aquest àmbit, manté una estreta relació de col·laboració amb l'OCATT i l'ONT.

A l'àmbit assistencial: la Fundació també manté acords de col·laboració i assessorament amb diversos centres assistencials i de diagnòstic.

Relacions a l'àmbit de la formació i la docència:

La Fundació és un hospital universitari adscrit a la Universitat Autònoma de Barcelona, amb qui té un ampli programa de col·laboració. Manté acords de col·laboració amb els ministeris de Sanitat i d'Educació, està integrada en el Programa MIR i també manté acords de col·laboració amb la Universitat de Barcelona, i amb les escoles d'infermeria i les escoles tècniques universitàries, com la Fundació Universitària del Bages, l'Escola Universitària de Ciències de la Salut de Manresa i l'Escola Universitària Blanquerna, de la Universitat Ramon Llull, entre d'altres.

Relacions a l'àmbit de la recerca:

La Fundació forma part de l'Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau (IIB-Sant Pau) i col·labora amb la indústria farmacèutica i la d'equipaments biomèdics, tant a l'àmbit de la recerca traslacional (aplicada) com al de la recerca fonamental. També col·labora amb la universitat i la indústria en el desenvolupament de projectes de suport assistencial.

Relacions a l'àmbit social:

La Fundació manté relacions de col·laboració i ajuda amb diverses associacions de malalts renals; a més, desenvolupa un programa de portes obertes amb les escoles de Barcelona, duu a terme programes formatius per als malalts i els seus familiars i forma part activa o es relaciona amb associacions de tipus patronal (Unió Catalana d'Hospitals), corporatiu (col·legis professionals de metges i d'infermeria, Consell Català de Formació Continuada de les Professions Sanitàries) i associatiu (Barcelona Centro Médico, etc.).